В Уведомлениях, отправляемых пользователям об успешном оформлении заказа, вы можете указать бонусы, которые будут начислены при помощи плагина Гибкие скидки и бонусы.
Рассмотрим в качестве примера уведомление "Заказ оформлен (Покупатель)".
Ред.

1) Найдите конструкцию:
{if $add_affiliate_bonus}
ПЕРЕД ней добавьте код:
{if class_exists('shopFlexdiscountPluginHelper') && shopFlexdiscountPlugin::isEnabled()}
{$add_affiliate_bonus = shopFlexdiscountPluginHelper::calculateBonus($add_affiliate_bonus, $order)}
{/if}